Sélection Génomique
Les limousines accélèrent !
Fort de l’expérience acquise et les travaux réalisés de 2008 à 2010 par l’équipe de recherche industrielle mise en place au Pôle de Lanaud, France Limousin Sélection (FLS) et le Herd-Book Limousin (HBL) ont décidé de créer une société de biotechnologie pour poursuivre et valoriser les résultats de cette recherche. Cette entreprise, dénommée IngenomiX, a vu le jour le 17 août 2010. Avec la maîtrise de la génomique, les organismes de la race Limousine souhaitent poursuivre leur rôle et défendre les intérêts des éleveurs. La semaine dernière, la nouvelle a été officialisée : les premiers tests génomiques consacrés aux bovins de races allaitantes limousines sont lancés !
La génomique est en passe de révolutionner les méthodes traditionnelles de sélection bovine grâce à une meilleure connaissance du génome. La race Limousine devient la première race allaitante en France à proposer une gamme de produits sur mesure via la société IngenomiX, qui exploite les potentialités offertes par le séquençage de l’ADN constitutif des génomes d’un nombre croissant d’espèces animales.
Grâce à la réunion de compétences recouvrant les domaines de la biologie, la génétique, les statistiques et la bioinformatique, IngenomiX s’est spécialisée dans les études d’association entre les phénotypes (caractère observables : anatomiques...) et les génotypes (informations contenues par les gènes) et dans l’ingénierie des tests ADN qui en découlent.
IngenomiX a développé des outils d’aide à la sélection génomique pour les éleveurs pour évaluer notamment le profil génétique d’un animal, dès son plus jeune âge, en se basant sur l’analyse de son propre patrimoine génétique. Les champs d’investigation portent aussi bien sur les critères quantitatifs que qualitatifs, la résistance aux maladies, la recherche de défauts génétiques, etc. Les objectifs sont fixés avec les clients français ou étrangers, selon leurs propres besoins.
[WEB]
A quoi servent les tests ADN d’IngenomiX ?
Avec le développement des nouvelles technologies de génotypage à haut-débit et la connaissance de plus en plus aboutie du génome bovin, il devient possible de déterminer, dès leur plus jeune âge, le potentiel génétique des animaux.
Trois outils génomiques ont été développés par IngenomiX : Flexilim®, Optilim® et Evalim®. Grâce à ces tests ADN, les éleveurs disposent d’un nouvel outil, plus précoce, leur permettant de faire des choix raisonnés de sélection sur plusieurs caractères d’intérêt. Ces outils tirent parti des toutes dernières découvertes scientifiques et technologiques dans le domaine de la génomique.
Ils permettront aux éleveurs de race Limousine d’être les premiers à entrer dans l’ère de la génomique en disposant d’atouts concurrentiels importants pour améliorer le progrès génétique de leurs animaux, choisir et trier leurs meilleurs reproducteurs et reproductrices.
Une gamme d’outils adaptée aux objectifs de sélection de chaque éleveur
Trois outils permettent, à partir d’un simple prélèvement de poils, d’évaluer le potentiel génomique d’un animal pour un maximum de 7 caractères en fonction des objectifs recherchés. Ces outils s’adaptent à tous les objectifs de sélection et à tous les budgets, ce qui en fait des solutions accessibles à l’ensemble des éleveurs de race Limousine, qu’ils soient ou non dans la base de sélection.
Ces tests ADN ont été développés en analysant les profils génomiques d’une population de référence constituée de plus de 1.500 animaux Limousins de manière à repérer, dans leur génome, les régions les plus importantes pour réguler ces caractères. Ces nouveaux indicateurs vous permettent de connaître plus précisément et plus précocement le potentiel de vos animaux.
Evalim® : l’outil de choix pour connaitre précisément ses reproducteurs. Un score génomique est calculé pour chacun des 7 caractères à partir de l’information combinée de plus de 50.000 SNP. Idéal pour tous ceux qui souhaitent raisonner leurs accouplements.
Optilim® : basé sur une puce dédiée, vous disposerez d’informations génomiques pour 4 caractères de morphologie/croissance au sevrage qui vous permettront de hiérarchiser vos femelles ou vos jeunes mâles déclarés à l’entrée en station.
Flexilim® : spécifiquement développé par les équipes d’IngenomiX, ce test évalue le potentiel génétique d’un animal pour les caractères de facilités de vêlage et d’aptitude à l’allaitement, deux caractères importants pour la future carrière reproductrice d’une femelle. Vous pouvez analyser un caractère au choix (offre UNO) ou les 2 caractères simultanément (offre DUO).
Qui peut les utiliser ? Dans quel cas ?
Ces outils ont été créés en collaboration étroite avec France Limousin Sélection (organisme de sélection de la race) et le Herd-Book Limousin afin qu’ils soient les plus adaptés à la demande des éleveurs de Limousine, qu’ils soient, ou non, dans la base de sélection actuelle. Ainsi l’ensemble des éleveurs pourra accéder à des outils innovants leur permettant d’évaluer le potentiel génétique de leurs animaux.
Afin de continuer à alimenter efficacement le programme de sélection, et en accord avec les organismes professionnels de la race, seuls les jeunes mâles déclarés candidats à l’entrée des stations d’évaluation (Lanaud, ABL, Gelioc, Gevial) pourront faire l’objet d’une analyse génomique. En revanche, toutes les femelles pourront être analysées sans contrainte.
Comment ont été validés les outils proposés par IngenomiX ?
Les outils génomiques d’aide à la sélection développés par IngenomiX profitent des avancées méthodologiques extrêmement rapides liées au développement de la sélection génomique et de la sélection assistée par marqueurs dans le monde.
Les études d’associations ont été réalisées en utilisant une partie de la population de référence totale comme population d’apprentissage (population sur laquelle les associations entre génotypes et phénotypes sont mises en évidence). Les associations détectées sont ensuite vérifiées en utilisant une population de validation, constituée d’animaux indépendants n’ayant jamais servi à créer les algorithmes d’interprétation des résultats de génotypages, et la pertinence des prédictions génomiques réalisées peut ainsi être validée.
Pour vérifier la pertinence des résultats obtenus, des validations croisées ont été réalisées en créant successivement plusieurs populations d’apprentissage au sein de la population de référence. Pour s’assurer de l’efficacité des modèles statistiques de prédictions, les animaux de la population de validation sont analysés et les scores obtenus sont comparés aux performances connues de ces animaux.
Cette dernière phase de validation permet d’obtenir une vision globale de l’efficacité des prédictions génomiques obtenues. Le maximum d’efficacité est atteint lors de l’utilisation de l’outil EVALiM® qui tire parti au maximum des marqueurs disponibles sur la puce de génotypage HD.
Quelle valeur-ajoutée peut-on attendre de ces tests ADN ?
La première valeur-ajoutée à attendre de ces tests concerne le troupeau. En effet, l’utilisation précoce de ces nouveaux indicateurs permet d’accélérer les progrès génétiques attendus et la valeur génétique des troupeaux en sélectionnant les meilleurs animaux.
Par ailleurs, par une sélection précoce, ces tests permettent aux éleveurs de réaliser une réforme également précoce des individus dont le potentiel génétique s’avère inférieur à leurs exigences. Ils réalisent ainsi des économies en limitant le nombre d’animaux à entretenir.
Ces tests génomiques sont actuellement les premiers à être proposés en France à une race allaitante. Ils sont appelés à se développer rapidement, en France mais également à l’étranger. En choisissant d’utiliser ces tests, les éleveurs se dotent de moyens supplémentaires pour évaluer leurs animaux, mais également pour valoriser leurs animaux auprès d’acheteurs, en France mais également à l’étranger en faisant valoir leur performances génomiques.
Quand ces tests ADN seront-ils disponibles ?
Ces tests seront proposés aux éleveurs en septembre 2011.[/WEB]
INTERETS ET PERSPECTIVES DE LA GENOMIQUE
La génomique, d’ores et déjà à l’œuvre dans la sélection des bovins laitiers, sera dans les années à venir également utilisée dans les programmes allaitants.
Qu’est-ce que la génomique ?
La génomique est la science qui étudie la structure et le fonctionnement des génomes. Avec le séquençage complet du génome bovin et l’arrivée récente des nouvelles puces de génotypage à haut-débit, il devient possible de mettre en place des outils génomiques d’aide à la sélection.
La génomique, comment ça marche ?
Le génome contient l’ensemble du patrimoine génétique d’un individu, hérité pour moitié de son père et pour moitié de sa mère. C’est la combinaison de ces deux génomes qui permet de créer un animal unique, porteur de caractères et de performances qui lui sont propres.
Les outils d’évaluation actuels déduisent la performance d’un individu à partir d’informations recueillies chez ses parents et/ou ses descendants. En d’autres termes, on prend en compte les performances transmises d’une génération à l’autre pour donner une valeur à un reproducteur. Cela nécessite des procédés de testage souvent longs et couteux pour avoir une valeur précise du potentiel génétique d’un reproducteur.
La génomique permet d’évaluer le potentiel génétique d’un animal en se basant sur les informations contenues dans son propre génome !
Pour cela il suffit de prélever un échantillon biologique (prise de sang, poil, mucus nasal…) et d’analyser son génome grâce à un test ADN.
Les génotypes de l’animal sont alors comparés à ceux d’une population d’animaux de référence dont les performances sur descendance sont connues, de manière à extrapoler, par des calculs statistiques, leurs performances.
Quels sont les apports de la génomique en sélection ?
En termes de sélection, le gain principal attendu par l’arrivée de la génomique est une accélération du progrès génétique : en effet, il devient possible de prédire de manière efficace la valeur génétique d’un animal dès sa naissance ! La mise en service des taureaux sera plus rapide et les éleveurs auront un nouvel outil à leur disposition pour orienter leurs choix de sélection précocement.
Un autre gain attendu est la possibilité d’évaluer le potentiel génétique aussi bien des mâles que des femelles : puisque l’évaluation se base sur le patrimoine génétique des animaux, il devient possible d’organiser une sélection sur la voie femelle en conservant les génisses de renouvellement les plus intéressantes. A terme, en disposant du génotypage des femelles et des mâles, il sera possible de déterminer les meilleurs accouplements à réaliser.
Enfin, la génomique permet de prendre en compte des phénotypes dont la mesure se révèle difficile ou coûteuse (santé animale), ou dans le cas de caractères peu héritables (qualités maternelles).
Grâce à la réunion de compétences recouvrant les domaines de la biologie, la génétique, les statistiques et la bioinformatique, IngenomiX s’est spécialisée dans les études d’association entre les phénotypes (caractère observables : anatomiques...) et les génotypes (informations contenues par les gènes) et dans l’ingénierie des tests ADN qui en découlent.
IngenomiX a développé des outils d’aide à la sélection génomique pour les éleveurs pour évaluer notamment le profil génétique d’un animal, dès son plus jeune âge, en se basant sur l’analyse de son propre patrimoine génétique. Les champs d’investigation portent aussi bien sur les critères quantitatifs que qualitatifs, la résistance aux maladies, la recherche de défauts génétiques, etc. Les objectifs sont fixés avec les clients français ou étrangers, selon leurs propres besoins.
[WEB]
A quoi servent les tests ADN d’IngenomiX ?
Avec le développement des nouvelles technologies de génotypage à haut-débit et la connaissance de plus en plus aboutie du génome bovin, il devient possible de déterminer, dès leur plus jeune âge, le potentiel génétique des animaux.
Trois outils génomiques ont été développés par IngenomiX : Flexilim®, Optilim® et Evalim®. Grâce à ces tests ADN, les éleveurs disposent d’un nouvel outil, plus précoce, leur permettant de faire des choix raisonnés de sélection sur plusieurs caractères d’intérêt. Ces outils tirent parti des toutes dernières découvertes scientifiques et technologiques dans le domaine de la génomique.
Ils permettront aux éleveurs de race Limousine d’être les premiers à entrer dans l’ère de la génomique en disposant d’atouts concurrentiels importants pour améliorer le progrès génétique de leurs animaux, choisir et trier leurs meilleurs reproducteurs et reproductrices.
Une gamme d’outils adaptée aux objectifs de sélection de chaque éleveur
Trois outils permettent, à partir d’un simple prélèvement de poils, d’évaluer le potentiel génomique d’un animal pour un maximum de 7 caractères en fonction des objectifs recherchés. Ces outils s’adaptent à tous les objectifs de sélection et à tous les budgets, ce qui en fait des solutions accessibles à l’ensemble des éleveurs de race Limousine, qu’ils soient ou non dans la base de sélection.
Ces tests ADN ont été développés en analysant les profils génomiques d’une population de référence constituée de plus de 1.500 animaux Limousins de manière à repérer, dans leur génome, les régions les plus importantes pour réguler ces caractères. Ces nouveaux indicateurs vous permettent de connaître plus précisément et plus précocement le potentiel de vos animaux.
Evalim® : l’outil de choix pour connaitre précisément ses reproducteurs. Un score génomique est calculé pour chacun des 7 caractères à partir de l’information combinée de plus de 50.000 SNP. Idéal pour tous ceux qui souhaitent raisonner leurs accouplements.
Optilim® : basé sur une puce dédiée, vous disposerez d’informations génomiques pour 4 caractères de morphologie/croissance au sevrage qui vous permettront de hiérarchiser vos femelles ou vos jeunes mâles déclarés à l’entrée en station.
Flexilim® : spécifiquement développé par les équipes d’IngenomiX, ce test évalue le potentiel génétique d’un animal pour les caractères de facilités de vêlage et d’aptitude à l’allaitement, deux caractères importants pour la future carrière reproductrice d’une femelle. Vous pouvez analyser un caractère au choix (offre UNO) ou les 2 caractères simultanément (offre DUO).
Qui peut les utiliser ? Dans quel cas ?
Ces outils ont été créés en collaboration étroite avec France Limousin Sélection (organisme de sélection de la race) et le Herd-Book Limousin afin qu’ils soient les plus adaptés à la demande des éleveurs de Limousine, qu’ils soient, ou non, dans la base de sélection actuelle. Ainsi l’ensemble des éleveurs pourra accéder à des outils innovants leur permettant d’évaluer le potentiel génétique de leurs animaux.
Afin de continuer à alimenter efficacement le programme de sélection, et en accord avec les organismes professionnels de la race, seuls les jeunes mâles déclarés candidats à l’entrée des stations d’évaluation (Lanaud, ABL, Gelioc, Gevial) pourront faire l’objet d’une analyse génomique. En revanche, toutes les femelles pourront être analysées sans contrainte.
Comment ont été validés les outils proposés par IngenomiX ?
Les outils génomiques d’aide à la sélection développés par IngenomiX profitent des avancées méthodologiques extrêmement rapides liées au développement de la sélection génomique et de la sélection assistée par marqueurs dans le monde.
Les études d’associations ont été réalisées en utilisant une partie de la population de référence totale comme population d’apprentissage (population sur laquelle les associations entre génotypes et phénotypes sont mises en évidence). Les associations détectées sont ensuite vérifiées en utilisant une population de validation, constituée d’animaux indépendants n’ayant jamais servi à créer les algorithmes d’interprétation des résultats de génotypages, et la pertinence des prédictions génomiques réalisées peut ainsi être validée.
Pour vérifier la pertinence des résultats obtenus, des validations croisées ont été réalisées en créant successivement plusieurs populations d’apprentissage au sein de la population de référence. Pour s’assurer de l’efficacité des modèles statistiques de prédictions, les animaux de la population de validation sont analysés et les scores obtenus sont comparés aux performances connues de ces animaux.
Cette dernière phase de validation permet d’obtenir une vision globale de l’efficacité des prédictions génomiques obtenues. Le maximum d’efficacité est atteint lors de l’utilisation de l’outil EVALiM® qui tire parti au maximum des marqueurs disponibles sur la puce de génotypage HD.
Quelle valeur-ajoutée peut-on attendre de ces tests ADN ?
La première valeur-ajoutée à attendre de ces tests concerne le troupeau. En effet, l’utilisation précoce de ces nouveaux indicateurs permet d’accélérer les progrès génétiques attendus et la valeur génétique des troupeaux en sélectionnant les meilleurs animaux.
Par ailleurs, par une sélection précoce, ces tests permettent aux éleveurs de réaliser une réforme également précoce des individus dont le potentiel génétique s’avère inférieur à leurs exigences. Ils réalisent ainsi des économies en limitant le nombre d’animaux à entretenir.
Ces tests génomiques sont actuellement les premiers à être proposés en France à une race allaitante. Ils sont appelés à se développer rapidement, en France mais également à l’étranger. En choisissant d’utiliser ces tests, les éleveurs se dotent de moyens supplémentaires pour évaluer leurs animaux, mais également pour valoriser leurs animaux auprès d’acheteurs, en France mais également à l’étranger en faisant valoir leur performances génomiques.
Quand ces tests ADN seront-ils disponibles ?
Ces tests seront proposés aux éleveurs en septembre 2011.[/WEB]
INTERETS ET PERSPECTIVES DE LA GENOMIQUE
La génomique, d’ores et déjà à l’œuvre dans la sélection des bovins laitiers, sera dans les années à venir également utilisée dans les programmes allaitants.
Qu’est-ce que la génomique ?
La génomique est la science qui étudie la structure et le fonctionnement des génomes. Avec le séquençage complet du génome bovin et l’arrivée récente des nouvelles puces de génotypage à haut-débit, il devient possible de mettre en place des outils génomiques d’aide à la sélection.
La génomique, comment ça marche ?
Le génome contient l’ensemble du patrimoine génétique d’un individu, hérité pour moitié de son père et pour moitié de sa mère. C’est la combinaison de ces deux génomes qui permet de créer un animal unique, porteur de caractères et de performances qui lui sont propres.
Les outils d’évaluation actuels déduisent la performance d’un individu à partir d’informations recueillies chez ses parents et/ou ses descendants. En d’autres termes, on prend en compte les performances transmises d’une génération à l’autre pour donner une valeur à un reproducteur. Cela nécessite des procédés de testage souvent longs et couteux pour avoir une valeur précise du potentiel génétique d’un reproducteur.
La génomique permet d’évaluer le potentiel génétique d’un animal en se basant sur les informations contenues dans son propre génome !
Pour cela il suffit de prélever un échantillon biologique (prise de sang, poil, mucus nasal…) et d’analyser son génome grâce à un test ADN.
Les génotypes de l’animal sont alors comparés à ceux d’une population d’animaux de référence dont les performances sur descendance sont connues, de manière à extrapoler, par des calculs statistiques, leurs performances.
Quels sont les apports de la génomique en sélection ?
En termes de sélection, le gain principal attendu par l’arrivée de la génomique est une accélération du progrès génétique : en effet, il devient possible de prédire de manière efficace la valeur génétique d’un animal dès sa naissance ! La mise en service des taureaux sera plus rapide et les éleveurs auront un nouvel outil à leur disposition pour orienter leurs choix de sélection précocement.
Un autre gain attendu est la possibilité d’évaluer le potentiel génétique aussi bien des mâles que des femelles : puisque l’évaluation se base sur le patrimoine génétique des animaux, il devient possible d’organiser une sélection sur la voie femelle en conservant les génisses de renouvellement les plus intéressantes. A terme, en disposant du génotypage des femelles et des mâles, il sera possible de déterminer les meilleurs accouplements à réaliser.
Enfin, la génomique permet de prendre en compte des phénotypes dont la mesure se révèle difficile ou coûteuse (santé animale), ou dans le cas de caractères peu héritables (qualités maternelles).
