A l’occasion de l’assemblée générale d’Alsoni Conseil élevage 71, Serge Miller de l’Institut de l’élevage (Idele), a fait le point sur l’offre génomique en élevage allaitant. En 2016, une évaluation génomique officielle Iboval voit le jour. Elle s’ajoute aux offres existantes des entreprises de sélection Gènes Diffusion, Charolais Univers et Ingénomix et sera prochainement proposée aussi par le Herd-book charolais.
Depuis une bonne dizaine d’années, la génomique est présentée comme une révolution pour la sélection animale. De fait, alors que les évaluations génétiques ne pouvaient jusqu’alors être réalisées qu’à partir des performances et des généalogies, la génomique promet une mesure du niveau génétique de l’animal dès sa naissance sur simple prise de sang. « Plus la peine d’attendre la mise à la reproduction et le contrôle des premiers produits », rappelle Serge Miller.
Cette méthode basée sur l’ADN même de l’individu sera forcément plus précise qu’un index Iboval évalué sur les seules performances des ascendants et descendants par exemple. L’intérêt est évident pour les jeunes mâles ou femelles à mettre à la reproduction, fait valoir l’expert. Il est aussi indéniable « pour les caractères exprimés tardivement » tels que les qualités maternelles.
Grâce à une sélection plus précoce, les intervalles entre génération seront raccourcis et le progrès génétique plus rapide, explique par ailleurs l’intervenant. La génomique promet aussi de pouvoir explorer de nouveaux caractères jusqu’alors impossible à évaluer en routine comme de santé, de robustesse, d’efficacité alimentaire, de qualité de viande, de qualité de colostrum…, énumère Serge Miller. Déjà dans certains programmes de sélection charolais, le développement de la génomique se concrétise dans le choix des mères à taureaux et des futurs taureaux de diffusion par le génotypage de milliers de candidats. Il permet l’arrêt du contrôle individuel, l’arrêt du testage et la fin des taureaux issus de testage en 2019, détaille l’expert de l’Institut de l’élevage.
Indispensable population de référence
Mais si depuis les premières publications enthousiasmantes, la génomique s’est quelque peu faite attendre en allaitant, c’est parce que son déploiement butte sur un écueil de taille : l'évaluation génomique n’est possible que si une population dite « de référence » a été établie au préalable.
Ce fastidieux travail de collecte de génotypes et de performances est à la base de tout le dispositif. C’est avec ces données qu’on établit « des équations de prédiction de la valeur génomique » d’un animal. Une sorte d’étalonnage de l’outil qui nécessite l’étude d’une population de référence la plus vaste possible pour être représentative. Plusieurs milliers d’individus sont nécessaires. C’est ce travail fondateur qui freine pour l’instant le démarrage de la génomique en races à viande. Pour les races rustiques, c’est un vrai handicap et, même pour la charolaise, la taille de la population de référence est encore un peu juste.
Naissance d’une indexation génomique Iboval
Néanmoins, la génomique fait son entrée dans le système officiel d’indexation génétique des bovins allaitants Iboval. Aboutissement du programme "Gembal" (Inra, Idele, Allice, Races de France), un nouvel index "génomique" est né de la combinaison de l’index Iboval actuel avec la « valeur génomique directe », explique Serge Miller. L’index génomique Iboval aura une précision supérieure à l’index Iboval classique ainsi qu’à la valeur génomique qui le composent.
En race charolaise, ce nouvel index est disponible aux animaux en contrôle de performances "VA4", qui plus est « inscrits » ou « inscriptibles » pour les mâles. La mise en œuvre sur le terrain est assurée par les entreprises de sélection Gènes Diffusion et Charolais Univers. Le Herd-book charolais le proposera bientôt à son tour. La génomique Iboval est effective en race limousine avec France Limousin Sélection et elle devrait suivre en blonde d’Aquitaine.
Le typage à un coût
Dans des races où les taureaux de monte naturelle assurent les trois quarts de la reproduction, cette nouvelle possibilité de « typer » les jeunes mâles est une opportunité évidente de fiabiliser le choix des jeunes mâles. Une opportunité pour les sélectionneurs et leurs clients. Mais pour l’heure se pose la question de la rentabilité économique du typage. Il faut pouvoir reporter le coût sur le produit vendu, sachant que les tarifs de typage des mâles oscillent entre 100 et 200 €. L’amortissement du coût du typage se pose aussi pour les femelles (de 50 à 80 € le typage). Et cela en dépit des avantages techniques évidents.
GD Scan, Ingénomix
Cette méthode basée sur l’ADN même de l’individu sera forcément plus précise qu’un index Iboval évalué sur les seules performances des ascendants et descendants par exemple. L’intérêt est évident pour les jeunes mâles ou femelles à mettre à la reproduction, fait valoir l’expert. Il est aussi indéniable « pour les caractères exprimés tardivement » tels que les qualités maternelles.
Grâce à une sélection plus précoce, les intervalles entre génération seront raccourcis et le progrès génétique plus rapide, explique par ailleurs l’intervenant. La génomique promet aussi de pouvoir explorer de nouveaux caractères jusqu’alors impossible à évaluer en routine comme de santé, de robustesse, d’efficacité alimentaire, de qualité de viande, de qualité de colostrum…, énumère Serge Miller. Déjà dans certains programmes de sélection charolais, le développement de la génomique se concrétise dans le choix des mères à taureaux et des futurs taureaux de diffusion par le génotypage de milliers de candidats. Il permet l’arrêt du contrôle individuel, l’arrêt du testage et la fin des taureaux issus de testage en 2019, détaille l’expert de l’Institut de l’élevage.
Indispensable population de référence
Mais si depuis les premières publications enthousiasmantes, la génomique s’est quelque peu faite attendre en allaitant, c’est parce que son déploiement butte sur un écueil de taille : l'évaluation génomique n’est possible que si une population dite « de référence » a été établie au préalable.
Ce fastidieux travail de collecte de génotypes et de performances est à la base de tout le dispositif. C’est avec ces données qu’on établit « des équations de prédiction de la valeur génomique » d’un animal. Une sorte d’étalonnage de l’outil qui nécessite l’étude d’une population de référence la plus vaste possible pour être représentative. Plusieurs milliers d’individus sont nécessaires. C’est ce travail fondateur qui freine pour l’instant le démarrage de la génomique en races à viande. Pour les races rustiques, c’est un vrai handicap et, même pour la charolaise, la taille de la population de référence est encore un peu juste.
Naissance d’une indexation génomique Iboval
Néanmoins, la génomique fait son entrée dans le système officiel d’indexation génétique des bovins allaitants Iboval. Aboutissement du programme "Gembal" (Inra, Idele, Allice, Races de France), un nouvel index "génomique" est né de la combinaison de l’index Iboval actuel avec la « valeur génomique directe », explique Serge Miller. L’index génomique Iboval aura une précision supérieure à l’index Iboval classique ainsi qu’à la valeur génomique qui le composent.
En race charolaise, ce nouvel index est disponible aux animaux en contrôle de performances "VA4", qui plus est « inscrits » ou « inscriptibles » pour les mâles. La mise en œuvre sur le terrain est assurée par les entreprises de sélection Gènes Diffusion et Charolais Univers. Le Herd-book charolais le proposera bientôt à son tour. La génomique Iboval est effective en race limousine avec France Limousin Sélection et elle devrait suivre en blonde d’Aquitaine.
Le typage à un coût
Dans des races où les taureaux de monte naturelle assurent les trois quarts de la reproduction, cette nouvelle possibilité de « typer » les jeunes mâles est une opportunité évidente de fiabiliser le choix des jeunes mâles. Une opportunité pour les sélectionneurs et leurs clients. Mais pour l’heure se pose la question de la rentabilité économique du typage. Il faut pouvoir reporter le coût sur le produit vendu, sachant que les tarifs de typage des mâles oscillent entre 100 et 200 €. L’amortissement du coût du typage se pose aussi pour les femelles (de 50 à 80 € le typage). Et cela en dépit des avantages techniques évidents.
Treize index génomiques Iboval
Treize index sont produits dans le cadre de la nouvelle génomique Iboval : facilité de naissance, potentiel de croissance, développement musculaire, développement squelettique, finesse d’os, index de synthèse production de viande, aptitude au vêlage, aptitude à l’allaitement, incidence de la mère sur le poids au sevrage, index de synthèse valeur maternelle. Pour les jeunes bovins, s’ajoute aussi la croissance carcasse, la conformation carcasse et l’index de synthèse aptitude bouchère sur la production de JB.
GD Scan, Ingénomix
Les pionniers…
Gènes Diffusion diffusait déjà l’offre "GD Scan" bâtie à partir de son programme "Vache/veau". Les résultats sont présentés sous dix prédicteurs génomiques de synthèse notés de 1 à 10 : quatre de morphologie (mamelle, trayons, aplombs, locomotion) ; deux de comportement et quatre de production (naissance, vêlage, croissance, lait). En race limousine, l’offre "Ingénomix Evalim" comporte sept caractères semblables à ceux d’Iboval notés jusqu’à 10. Elle sera bientôt complétée par l’offre génomique Iboval.
