Marquée par l’influence gallo-romaine, la commune se distingue par la présence d’une église plusieurs fois remaniée.
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Perché sur un rocher de porphyre qui surplombe la Loire, le village date de l’époque romaine. Les Romains y avaient construit une traversée de la Loire et ont, par la suite, exploité les carrières de marbre gris et rouge qui se trouvaient à proximité. Du point de vue étymologique, Gilly proviendrait d’un nom propre gallo-romain Gilius.
Entre 1574 et 1791, Gilly a compté neuf curés. Le prêtre décédé en 1791 ne fut pas remplacé durant la Révolution. Les paroisses de Fontête et d'Aupont ont alors continué à célébrer la messe en secret. Le mobilier de l’église de Gilly fut alors vendu aux enchères sur la place publique. En 1802, les paroisses de Gilly, Fontête et Aupont furent alors regroupées en une seule : Gilly-sur-Loire. De 1805 à 1822, il n’y eut plus de curé. En 1822, les églises de Fontête et Aupont furent vendues, celle de Fontête deviendra un entrepôt à fromages, celle d’Aupont la maison Lazzarini et le cimetière... un jardin potager !
Dédiée à sainte Anne
Placée sous le vocable de Sainte-Anne, l’église est de style roman et date du XIe siècle. Elle est l’une des plus anciennes de la région. Elle était orientée avec l’autel à l’est pour que le prêtre célébrant la messe soit alors placé face à la Terre sainte. En 1876 , le chœur était enlevé et l’autel installé à l’ouest alors que la surface intérieure passait de 120 à 240 m². Une chapelle et une sacristie furent rajoutées sur le côté sud, face à la Loire. En 1877, l’entrée actuelle fut construite. L’autel principal est en marbre gris de Gilly avec des veines blanches et rouges. De style Louis XV, il date de 1781. Le tabernacle - de style Louis XIV - vient de l’église de Fontête ; il y fut alors enlevé pour être sauvé du pillage et, après le Concordat, fut offert à l’église de Gilly. Dans le clocher, on compte trois cloches : la première est la cloche d’origine de Gilly, la deuxième vient de l’église de Fontête et la troisième provient de l’église d’Aupont. L’église a conservé de l’époque romane le clocher en façade. Le reste de l’édifice a été profondément restauré en 1876 et 1903. Dès 1836, des travaux de réfection de la charpente et la couverture furent entrepris. En 1845, le terrain sur lequel était construit l’église s’éboulait. Un mur de soutènement fut construit. Un autre mur fut construit vers 1850 sur l’une des faces latérales de l’église. A partir de 1875, l’église fut agrandie et profondément remaniée. Des remaniements complétés en 1903 par des travaux de réfection de la toiture de la nef, de la charpente et des enduits des murs.
